掃描電鏡為精密儀器，在觀察樣品前一定要重視樣品制備。如果樣品存在問題或制樣不當，不僅無法得到理想的效果，還會對電鏡造成損傷，影響儀器測試性能，甚至造成設備故障，造成不可挽回的損失。
掃描電鏡樣品制備的 5 個注意事項
1. 樣品為干燥無水固體，無易揮發溶劑；
2. 觀察面應該清潔，無污染物；
3. 導電和導熱性能好；
4. 電子束下樣品熱穩性要好，且不會被電子束分解；
5. 磁性較強樣品要預先去磁。
樣品需要干燥無水、無易揮發溶劑。樣品需要放入掃描電鏡真空腔室內，如果樣品中含水或易揮發溶劑，會在真空環境中揮發出來，水蒸氣或揮發溶劑會加速燈絲陰極材料揮發，從而極大降低燈絲壽命，甚至引起燈絲故障；大量氣體分子進入真空腔室，亦會引起電鏡真空錯誤，甚至造成分子泵故障；同時氣體分子會散射電子，增加電子束能量分散，降低儀器分辨能力和信噪比。
解決方案：
針對含水或易揮發溶劑樣品，需要將樣品干燥后再放入電鏡進行觀察，為保證樣品干燥過程中表面形貌不被破壞，必要時可采用臨界點干燥和冷凍干燥。對于含水的生物樣品，既要保持完好的組織和細胞形貌，還要保證樣品充分干燥，因此，需要經過化學或物理方法固定、脫水和干燥后再進行觀察，或者利用飛納電鏡溫控樣品杯對樣品進行成像。
奶酪掃描電鏡圖像
蘋果掃描電鏡圖像
飛納電鏡溫度控制樣品杯可以自動控溫，適用于生物、有機等樣品，使樣品減少水分的蒸發，得以保持原貌，并且減少電子束對樣品的損傷，延長觀察時間。上圖中奶酪和蘋果未經干燥處理，直接使用溫控樣品杯觀察。
樣品觀察面需要清潔、無污染物。樣品在制備、拿取和保存過程中都要保持干凈無塵，主要污染物為灰塵、手印、人體分泌物（口水和汗液）及微量油脂等。因此，在拿取與制備樣品時需要佩戴干凈無粉手套，使用的剪刀、鑷子等制樣工具亦要保持干凈。
對于需要分析的塊狀樣品，如金屬斷口上通常會黏附油污、碎屑或粉塵等，它們除了影響觀察結果之外，還容易引起電鏡真空腔室和電子光路器件污染。
對于金相樣品，經過環氧樹脂鑲嵌、拋磨后，其表面會黏附有拋光膏顆粒、砂紙顆粒和環氧樹脂碎屑，放入掃描電鏡觀察前，需要先用水沖洗干凈，再用乙醇等有機溶劑超聲清洗，烘干處理后即可。
制備粉末樣品時，其厚度均勻，表面平整，且量不要太多，但必須要牢固的粘貼在導電膠上。樣品放入掃描電鏡前需用較大氣流吹掃（推薦使用除塵氣罐或壓縮氣體），以便將未粘牢的樣品顆粒吹掉。
測試的粉末樣品個數較多時，制備過程中注意防止樣品交叉污染。切記 不要在放置電鏡房間內吹掃樣品，以免飛起的樣品顆粒污染電鏡。
樣品導電導熱性能要好。掃描電鏡聚焦成像時，電子束直接照射樣品表面，如果樣品材料不導電會產生荷電效應（也稱充電效應）。負電荷電子局部積累，抑制入射電子和出射信號，引起圖像變形和位移，無法進行聚焦。
針對不導電樣品，可以采用噴鍍碳或金屬以提高材料的導電、導熱性能，同時還能增強樣品信號發出量。在樣品表面噴鍍導電膜，對能譜檢測結果有所影響，針對有些無法噴鍍的樣品，可采用低真空模式觀察樣品以緩解荷電效應。
方糖掃描電鏡圖像樣品產生充電效應 方糖掃描電鏡圖像低真空下無充電效應
電子束下樣品熱穩性要好，且不會被電子束分解。在掃描電鏡正常觀察圖像時，電子探針的束流通常為 nA 級別，所以對于大多數樣品，受熱不是問題。但對一些熱敏材料會出現損傷，觀察部位出現起泡、龜裂、孔洞（熱損傷），甚至有些樣品在高溫下分解，釋放氣體或物質（熱分解），當他們進入電鏡內部，勢必會影響電鏡性能，甚至引起故障。
這類樣品多為生物和有機聚合物樣品，在表面鍍膜可以提高樣品的穩定性，觀察時也盡量選擇較小加速電壓和束流強度，以減少電子束對樣品的損傷。
磁性樣品 會影響電子束運動軌跡，導致圖像出現異常和像散現象。如果小的磁性顆粒沒有粘貼牢固，容易被吸入電鏡真空腔室內部，引起電鏡污染，造成電鏡成像故障。
因此在觀察磁性材料時需要格外小心，利用壓縮氣體嚴格吹掃。針對一些較強磁性材料必須進行消磁處理。
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